खानदेश महाराष्ट्र के दक्षिणी पठार के उत्तरी-पश्चिमी कोने पर स्थित प्रसिद्ध ऐतिहासिक क्षेत्र, जो मुंबई से लगभग 300 किमी उत्तरपश्चिम है।
खानदेश ताप्ती नदी घाटी क्षेत्र में स्थित खानदेश के स्वतंत्र मुस्लिम राज्य की स्थापना मलिक राजा फारुकी ने 1399ई. में की। मलिक राजा फारुकी वंश के नाम पर इस वंश का नाम फारुकी वंश पङा।
खानदेश की राजधानी बुरहानपुर थी तथा असीरगढ का किला एक शक्तिशाली सैनिक स्कंन्धवार (सैनिक अड्डा) था। इस वंश का प्रसिद्ध शासक आदिल खान द्वितीय था। उसने गोंडवाना और गढमण्डला के हिन्दू शासकों पर अपनी प्रभुसत्ता स्थापित की।
इस वंश के सभी सुल्तानों ने खान की उपाधि धारण की। इसलिए फारुकी साम्राज्य को खानदेश (खानों का देश ) कहा जाने लगा। 1601 ई. में मुगल सम्राट अकबर ने खानदेश को मुगल साम्राज्य में शामिल कर लिया।